中国农业大学研究生院于 1984 年 8 月经国务院首批批准试办，是 22 所研究生院之一。1996 年，它获得原国家教委批准设立并正式挂牌。现任研究生院院长由校长柯炳生教授兼任，常务副院长是李健强教授。研究生院与党委研究生部合署办公，下设综合办公室、管理处、招生办公室、培养处、学位办公室这五个处室。

学校有 10 个北京市重点学科。这些一级学科对全国农科研究生教育事业的发展起到了示范作用。目前，在学习的各类研究生大概有一定人数。其中，全日制在校的研究生大概有 8000 人。

为适应客观情况发展的需求以及研究生教育的发展规律，提升培养质量，更好地满足社会发展对高层次人才培养的需求，学校在 2012 年开启新一轮研究生教育改革。改革的总体目标和思路如下：围绕我校建设世界一流的农业大学，朝着成为国际知名、有特色高水平的研究型大学的发展目标前进，树立科学的质量观，明确硕士研究生教育主要是培养应用型人才，强化实践能力的训练；博士研究生教育主要是培养学术型人才，突出创新能力的培养。调整学制，修订培养方案。改革招生制度和导师任职制度。强化培养过程管理，加强质量保障体系建设。完善奖助制度等措施，全面提高我校研究生教育质量，以更好地满足社会对高层次人才的需求。